26 listopada 1987 roku gen. Kiszczak skierował pismo do prokuratora generalnego PRL Józefa Żyty, w którym wnosił o wystąpienie do sądu o złagodzenie kary pozbawienia wolności dla zabójców ks. Jerzego Popiełuszki.
Według jego instrukcji, opatrzonych klauzulą tajności, kary miały być zmniejszone w następujący sposób: dla Grzegorza Piotrowskiego z 25 lat pozbawienia wolności na 15 lat, dla Adama Pietruszki z 15 na 10 lat, dla Leszka Pękali z 15 na 10 lat oraz dla Waldemara Chmielewskiego z 8 lat na 4 lata i 6 miesięcy.
Minister Spraw Wewnętrznych PRL w uzasadnieniu wskazywał na pogarszający się stan zdrowia Pietruszki i trudną sytuację rodzinną Chmielewskiego i Piotrowskiego, których żony samotnie wychowywały dzieci. Podkreślał również „stabilizację sytuacji społeczno – politycznej oraz pozytywne wyniki dotychczasowego procesu resocjalizacji skazanych”.
Jak łatwo się domyślić – wniosek Generała został uwzględniony, a oprawców ks. Popiełuszki, już w grudniu tego samego roku, objęła druga amnestia. Z pierwszej, poza Grzegorzem Piotrowskim, skorzystali bezprawnie 17 lipca 1986 roku.
Gen. Kiszczak, chcąc uniknąć oskarżeń o wstawiennictwo za „swoimi”, w tym samym piśmie z listopada 1987 r. wystąpił także o zastosowanie amnestii wobec osób skazanych w związku z zabójstwem sierżanta Milicji Obywatelskiej Zdzisława Karosa. Chodziło o dwóch uczniów szkoły średniej w Grodzisku Mazowieckim – Roberta Chechłacza i Tomasza Łupanowa – którzy 18 lutego 1982 roku w Warszawie zaatakowali w tramwaju sierżanta MO w celu zdobycia broni na potrzeby stworzonej przez siebie organizacji antykomunistycznej. W trakcie szarpaniny milicjant został postrzelony i pięć dni później zmarł w szpitalu. Pistolet został znaleziony u zaprzyjaźnionego ks. Sylwestra Zycha. Wkrótce wszyscy zostali aresztowani i usłyszeli wyroki: Chechłacz 25 lat pozbawienia wolności, Łupanow 13, a ks. Zych 4.
Po oficjalnym upadku komunizmu mordercom ks. Popiełuszki rozwiązały się języki. Szczególnie uaktywnił się płk Pietruszka, który w 1990 roku wystąpił z oskarżeniem gen. Kiszczaka i płk Zbigniewa Pudysza (dyrektora Biura Śledczego MSW) o utrudnianie postępowania karnego poprzez poplecznictwo. Pietruszka dowodził, że był zmuszany do składania fałszywych zeznań, za które miał rychle opuścić więzienie wraz ze stosowną rekompensatą. Oczywiście oskarżenia te nie przyniosły żadnych efektów.
